​​Музей археологии и этнографии является структурным подразделением Учебно-научного центра изучения проблем природы и человека. Его история тесно связана с историей университета. Уже в 1977 году в рамках археологической практики студентов состоялся первый полевой сезон археологической экспедиции ЧелГУ, возникла лаборатория, происходила консервация, изучение и хранение археологических предметов. В начале апреля 1980 года в двух небольших комнатах студенческого общежития открылась первая экспозиция из предметов археологии. Событие было приурочено к работе Всесоюзного археологического семинара, посвященного проблемам бронзового века степной полосы Урало-Иртышского междуречья. Заведующей музея стала Надежда Оттовна Иванова. В формировании археологической коллекции музея принимали участие многие ведущие ученые Южного Урала. Отметим Геннадия Борисовича, Светлану Яковлевну, Дмитрия Геннадьевича Здановичей, А.Д. Таирова, С.Г. Боталова, И.Э. Любчанского. В последние годы музей наиболее значимые поступления произошли в результате археологических изысканий Е. В. Куприяновой.

В 1992 г. начался сбор этнографической коллекции, продолжающийся по настоящее время. Предметы поступили из районов Челябинской области и северо-западной части Башкортостана. Собирание этнографических предметов было начато Ольгой Владимировной Новиковой (зав. музеем этнографии с 1992 по 2005 г.) и Андреем Александровичем Рыбалко (преподавателем исторического факультета), продолжено Е.А. Чайко.

 В 1998 году под музей отвели зал в первом учебном корпусе университета. В 2006 г. к 30-летнему юбилею университета была создана современная экспозиция из двух залов – археологического и этнографического, где посетители могут ознакомиться не только с древнейшей историей Южного Урала, но и окунуться в мир этнографии – реалий, которые еще живы в памяти наших родителей, бабушек и дедушек.

Свидетельством признания научной и культурно-исторической значимости музея, уникальности коллекций являются приглашения к участию в крупных выставочных проектах. В 2009 г. коллекции Музея археологии и этнографии ЧелГУ были представлены в г. Тенд (Франция) на выставке «Аркаим. Поселение эпохи бронзы: древнейшие индоевропейцы в степях Урала». В 2013 г. в столице Татарстана (Казанский кремль) была показана выставка «Аркаим. Зазеркалье. ХХ в. до н.э.-ХХ в. н.э., в 2016 г. там же состоялась выставка «Кочевники Аркаимских степей»​.